بکن‌باوئر که اینک ۷۰ سال دارد در پرونده‌ای که در سوئیس علیه او گشوده شده، متهم است به اینکه در دوران مدیریتش بر تبلیغات جام جهانی فوتبال سال ۲۰۰۶ در پرداخت‌های مبهم و مبتنی بر زد و بند شراکت داشته است. جام جهانی سال ۲۰۰۶ در آلمان برگزار شد.
بکن‌باوئر و مدیر اجرایی او در سال ۲۰۰۲ در مجموع مبلغ ۶ میلیون فرانک سوئیس را به حساب یک دفتر وکالت در سوئیس واریز می‌کنند. این مبلغ سپس به حساب شرکتی در قطر واریز می‌شود که متعلق به محمد بن همام، از مدیران سابق فیفا، بوده است. یک ماه بعد مبلغ ۱۰ میلیون فرانک سوئیس از سوی روبرت دریفوس، رئیس شرکت آدیداس، به حساب دفتر وکالت یاد شده واریز می‌شود که از آن، ۶ میلیون فرانک به حساب بکن‌باوئر برمی‌گردد و ۴ میلیون باقی مانده دوباره به حساب شرکت قطری واریز می‌شود. چندی بعد نیز در تبادلات بانکی مشکوکی ۱۰ میلیون فرانک سوئیس از فدراسیون فوتبال آلمان به حساب فیفا ریخته می‌شود که فیفا هم این مبلغ را به حساب دریفوس می‌ریزد.
پول مشکوکی به قطر رفته است
به این ترتیب معلوم نیست که این تبادلات بانکی که همگی در خدمت ارسال پول به قطر بوده‌اند به چه منظوری بوده و پولی که به قطر رسیده کجاست یا به چه مصرفی رسیده است.
این پرداخت‌ها در فاصله زمانی ۲۰۰۲ تا ۲۰۰۵ انجام شده است. ماجرای این پرداخت‌ها سال ۲۰۱۵ در رسانه‌های آلمانی افشا شد و به استعفای رئیس فدراسیون فوتبال آلمان انجامید، ولی نامی از بکن‌باوئر در میان نبود.
بکن‌باوئر هنوز به این اتهام‌ها واکنشی نشان نداده است.
تحقیقی هم که در این باره به سفارش فدراسیون فوتبال آلمان انجام شده به نتیجه‌ای نرسیده است. بکن‌باوئر پیشتر که این اتهامات به صورت جسته و گریخته مطرح شده بود پیوسته آنها را تکذیب می‌کرد.
قبل از دادستان سوئیس دادستان شهر فرانکفورت هم پرونده‌ای را در ارتباط با بازی‌های سال ۲۰۰۶ علیه فدراسیون فوتبال آلمان که بکن‌باوئر کاپیتان افتخاری و کادام العمر آن به شمار می‌رود به جریان انداخته که موضوع آن فرار از مالیات این نهاد است. علیه رئیس و مدیرکل فدراسیون اقامه اتهام شده است.
در صورت اثبات اتهامات بکن‌باوئر در سوئیس مجازاتی تا سه سال زندان در انتظار او خواهد بود. در موارد معینی این حبس می‌‌تواند تا ۵ سال افزایش یابد.