این وزارتخانه مدعی است که این سازمان خیریه ایرانی مقررات آیین‌نامه خود و قوانین تاجیکستان درباره اتحادیه‌های اجتماعی و سازمان‌های غیردولتی را نقض کرده، هرچند جزئیات این قضیه روشن نیست.
به گفته یک مسئول اداره ثبت اتحادیه‌های اجتماعی و سازمان‌های غیردولتی وزارت دادگستری تاجیکستان، قرار است هفته آینده دادگاه ناحیه اسماعیل سامانی شهر دوشنبه، پایتخت، این قضیه را بررسی کند. دادگاه نسخه‌ای از درخواست وزارت دادگستری را در اختیار مسئولان دفتر کمیته امداد امام خمینی گذاشته است.
در همین حال، دفتر مرکزی کمیته امداد امام خمینی در شهر دوشنبه بسته است. قبلا برخی از رسانه ها خبر داده بودند که فعالیت این سازمان در تاجیکستان متوقف شده است. ولی به گفته مسئولان وزارت دادگستری، بر اساس قوانین تاجیکستان فعالیت سازمان های اجتماعی را تنها خود این سازمانها یا دادگاه می تواند متوقف کند.
کمیته امداد امام خمینی یک سازمان خیریه ایرانی است که ۲۰ روز پس از انقلاب اسلامی آن کشور در سال ۱۳۵۷ تاسیس شده و " تحقق بخشیدن به اهداف عالیه نظام جمهوری اسلامی ایران و ولایت فقیه در حمایت و امداد محرومان و مستضعفین و خودکفا کردن آنان" را از اهداف اولیه خود می‌داند.
این کمیته به جز تاجیکستان دفاتری در افغانستان، لبنان، سوریه، عراق، کومور و جمهوری آذربایجان دارد.
دفتر محلی این کمیته در تاجیکستان از سال ۱۹۹۶ به این سو فعال شده و بیشتر به تاسیس مراکز آموزش هنرهای دستی و کمک به معلولان و سالمندان، افراد کم‌بضاعت و یتیم‌خانه‌ها مشغول بوده است. این سازمان همچنین در گذشته جشن‌های عروسی مشترک برای زوج‌های جوان از خانواده‌های نادار برپا کرده است.
برخی از صاحب نظران درخواست وزارت دادگستری تاجیکستان از دادگاه برای قطع فعالیت کمیته امداد امام خمینی در این کشور را به تیرگی روابط دوشنبه و تهران مرتبط می‌دانند.
روابط تاجیکستان و ایران از اوایل دی‌ماه سال گذشته پس از دعوت مقامات ایرانی از محی‌الدین کبیری رهبر حزب ممنوع شده نهضت اسلامی تاجیکستان و دیدار او با آیت الله خامنه‌ای، به سردی گراییده است.
آن زمان وزارت خارجه تاجیکستان سفیر ایران را احضار کرده و یادداشتی اعتراضی به او سپرده بود.
این در حالی است که اختلاف نظرهایی بین تهران و دوشنبه بر سر پول‌های هنگفت بابک زنجانی، سرمایه‌دار ایرانی، که در تاجیکستان سرمایه‌گذاری کرده بود، پیشتر از این رویدادها وجود داشت.
ایران در گذشته از سرمایه‌گذاران اصلی طرح‌های بزرگ اقتصادی دولت تاجیکستان بوده و از جمله تونل "استقلال" در راه دوشنبه- خجند و نیروگاه "سنگتوده ۲" در جنوب تاجیکستان را ساخته است.